Numune alınmadan önce enfekte bölge %70’ lik etil alkol ile temizlenir. Onikomikoz kuşkulu olgularda kalınlaşmış tırnaktan mümkün olduğunca eski, ölü doku kesilip uzaklaştırılır. Tırnak yatağı dejenere olmuş bölüme ulaşıncaya kadar derince kazınmalıdır ve tırnağın enfekte canlı doku sınırından kazıntı/kesim yapılır. Tırnak altında biriken keratinize dokudan da numune alınır. Tırnak yüzeyinde olan enfekte alanlardan bir bistüri yardımı ile tırnak kazınarak da örnek alınabilir. Numune alımının zor olduğu durumlarda tırnak makası ile tırnağın tamamı kesilirek de örnek alınabilir. Lezyon bölgesinden yapılan tırnak kazıntı örnekleri steril bir kaba veya petri kutusuna alınır, numune kabı kapağı sıkıca kapatılır ve numunenin dökülmeyeceği şekilde ambalajlanarak analitik birime gönderilir.Numune alınmadan önce deri/tırnak bölgesinin birkaç gün önceden yıkanmadan bekletilmesi veya numune alınmadan hemen önce yıkanması gerekmez. Herhangi bir antifungal ilaç kullanan hastalar, tercihen ilacı kestikten 10 gün sonra numune vermelidir.